應用微生物為應用微生物之代謝能力於工業、農業、食品、醫藥等，除代謝外亦與微生物之生物特性相關，因此應用微生物學包括微生物之代謝反應及調控、微生物之培養及工程，本課程中以介紹微生物應用之原理、方法及實際為主，由微生物之反應說明其利用，由微生物之特性說明其培養及生產。
本課程之介紹包括
1)利用微生物之生化代謝，生產可供利用之微生物產物
2)利用微生物之能力在工業及農業、、等
3)微生物利用之培養生物學、培養動力學
4)微生物之分析及檢驗方法等。